北9939是原新疆农科院粮作所与黑龙江省农垦总局北安农业科学科研所采用联合育种模式培育的首批大豆新品种。由新疆农科院粮作所提出育种目标，黑龙江北安所根据该目标选择亲本。1994年黑龙江北安所以北丰8号为母本、北93－406为父本配置组合经杂交选育途径选育出高代品系北9939。2002年由新疆农科院粮作所从黑龙江北安所引进，经黑龙江北安与新疆乌鲁木齐之间的异地鉴定选择培育而成。2006年2月通过新疆维吾尔自治区农作物品种审定委员会审定，以原品系名“北9939”命名。
生育期114.6天，株高83.99cm，底荚高10.17cm，分枝数0.81，单株荚数27.62，单株粒数63.75，秕荚率1.69 %，百粒重20.58g?？鼓嫘裕嚎购敌灾械绕浚坑诙哉?；耐盐碱性和耐阴性中等，与对照相同；品质：蛋白质含量37.0 %，脂肪含量22.8%。脂肪含量达到国家科技攻关高油大豆22%标准。 产量表现：2004～2005年两年区试中，平均单产226.27公斤/亩，比对照增产8.68%，2005年生产试验中，平均单产197.47公斤/亩，比对照减产2.67%。2004～2005年两年区试中，平均单产226.27公斤/亩，比对照增产8.68%，2005年生产试验中，平均单产197.47公斤/亩，比对照减产2.67%。
审定编号：新审大豆2006年27号
申报单位：新疆农科院粮作所、黑龙江省农垦北安农科所
亲本：北丰8号×北93—406
推广范围：北疆冷凉大豆区种植
2022年，该品种在哈巴河县大豆高产竞赛中获得290.14公斤/亩的产量。
